Основной задачей управления Программой является обеспечение ее максимальной эффективности с точки зрения конечного результата конверсии. Среди важнейших факторов низкой эффективности территориального управления конверсией следует в первую очередь, назвать недостатки организационного характера - отсутствие четкой структуры управления конверсией на уровне страны, региона, города. В этой связи особое значение приобретает качественный мониторинг хода выполнения Программы и своевременность принятия действенных корректирующих мер.
Для управления, контроля и координации работ по Программе создается Администрация Программы, образуемая совместным постановлением Законодательного Собрания Омской области и Главы Администрации (Губернатора) Омской Области.
Администрация Программы состоит из представительного органа Координационного Совета Программы, исполнительного органа Дирекции Программы и финансового органа - Фонда структурной перестройки и конверсии.