Комиссия по присуждению ежегодной областной премии имени В.В. Малыхина формируется из числа работников управленческих структур администрации области, ученых города и представителей творческих организаций интеллигенции. Председателем комиссии является председатель комитета по делам науки и высшей школы администрации области. Заместителем председателя комиссии является исполнительный директор "Фонда научной и творческой деятельности молодежи Омской области".
Состав комиссии утверждается по представлению председателя комиссии распоряжением главы администрации области сроком на 5 лет.
Вся организационная работа по проведению ежегодного областного конкурса на лучшую научную работу среди аспирантов и студентов Омских вузов осуществляется Фондом НТДМ, комитетом по делам науки и высшей школы и советом ректоров вузов г. Омска.