Оплата экспертных работ, проводящихся на договорной основе, осуществляется за счет заказчика экспертизы с учетом действующих нормативов в пределах смет, утвержденных Председателем Экспертного совета.
Нормы оплаты труда внештатных экспертов, привлекаемых для решения конкретных задач, утверждены постановлением Правительства РФ от 17 мая 1993 г. N 468 и подлежат пересмотру при изменении тарифной ставки (оклада) первого разряда Единой тарифной сетки по оплате труда бюджетной сферы в те же сроки и в таких же размерах.
Оплата штатных специалистов, участвующих в проведении государственной комплексной экспертизы, производится в установленном для государственных служащих порядке.
В случае привлечения к государственной комплексной экспертизе научных учреждений РАН, ряда общественных академий, отраслевых НИИ и других экспертных коллективов оплата труда экспертов осуществляется по хоздоговору с ними за счет средств заказчика (разработчика) программы или проекта.