Руководство и методическое обеспечение выполнения Программы возлагается на Комитет администрации края по поддержке предпринимательства.
Выполнение программы возможно только при тесном сотрудничестве всех задействованных в ней подразделений краевой администрации, существующих звеньев инфраструктуры поддержки малого предпринимательства и общественных объединений предпринимателей. Для согласования усилий указанных структур при комитете администрации края по поддержке предпринимательства создаётся ведомственная Комиссия по развитию малого предпринимательства в Алтайском крае. Комиссия является общественным консультативным и экспертным органом, формируемым из руководителей организаций, занимающихся развитием малого предпринимательства, представителей общественных объединений предпринимателей, их союзов и ассоциаций, авторитетных предпринимателей и учёных. Персональный состав и Положение о Комиссии, регламентирующее порядок работы и полномочия Комиссии, утверждаются председателем Комитета.
Финансовое обеспечение выполнения мероприятий Программы возлагается на региональные фонды поддержки малого бизнеса, с которыми администрация края заключает генеральное соглашение, или которые решением администрации края определяются в качестве фондов-агентов федеральных фондов поддержки малого предпринимательства