В условиях рыночной экономики, полной экономической самостоятельности коллективных хозяйств и частных товаропроизводителей совершенствуется система управления агропромышленным комплексом.
Управление агропромышленным комплексом и регулирование его развития осуществляется как единое целое, с разделением функций государственного и хозяйственного управления.
Государственное управление АПК осуществляет Главное управление сельского хозяйства и продовольствия администрации края, в ведение которого соответствующими решениями переданы функции государственного управления АПК, как структурного органа власти администрации края, которое проводит аграрную реформу, создает благоприятные условия для эффективного развития сельского хозяйства и других отраслей АПК края, содействует развитию аграрной науки и распространению передовых технологий и новых методов хозяйствования, организует подготовку кадров для АПК края и в пределах своей компетенции осуществляет правовое регулирование хозяйственной деятельности.
Главное управление сельского хозяйства и продовольствия проводит на территории края в интересах сельскохозяйственных предприятий всех форм собственности экономическую политику, мониторинг цен, изучение и формирование продовольственного рынка, рынка материально-технических ресурсов и услуг, кредитную и инвестиционную политику, подготовку кадров с целью их адаптации в рыночной экономике.
Аналогичные функции, в пределах своей компетенции, осуществляют управления сельского хозяйства и продовольствия администраций районов.
Сельскохозяйственные товаропроизводители и предприятия перерабатывающих и обслуживающих отраслей, организаций и предприятий потребкооперации на добровольных началах создают кооперативные и акционерные агропромышленные объединения и другие формирования (фирмы, концерны, комбинаты и корпорации), функционирующие на принципах хозяйственного самоуправления. Эти органы во взаимодействии с государственными органами управления координируют деятельность хозяйств, представляют и защищают их интересы.
Главное управление сельского хозяйства и продовольствия администрации края совместно с другими органами государственной власти создает условия для деятельности хозяйствующих субъектов на основе взаимных договорных обязательств с полной экономической ответственностью.