Для рассмотрения вопросов планирования и организации работы Счетной палаты, методологии контрольно-ревизионной деятельности, составления отчетов и информационных сообщений, направляемых Алтайскому краевому Законодательному Собранию, образуется коллегия Счетной палаты. В состав коллегии Счетной палаты входят: председатель Счетной палаты, заместитель председателя Счетной палаты, аудиторы Счетной палаты по должности и пять членов коллегии, назначаемые по представлению председателя Счетной палаты Алтайским краевым Законодательным Собранием большинством голосов избранных депутатов.
По предложению председателя Счетной палаты коллегия принимает регламент Счетной палаты.