2.1 Основными задачами заказника являются:
- сохранение, восстановление, воспроизводство и рациональное использование ценных в хозяйственном, научном и культурном отношении охотничьих животных, а также редких и находящихся под угрозой исчезновения видов животных, занесенных в Красные Книги Российской Федерации и Республики Бурятия, видов животных, охраняемых в рамках международных соглашений, заключенных между Российской Федерацией и зарубежными странами, сохранение среды обитания, путей миграций, мест гнездования, поддержание общего экологического баланса;
- проведение биотехнических мероприятий с целью создания наиболее благоприятных условий обитания охраняемых объектов животного мира;
- систематическое проведение учетных работ, научно-обоснованное регулирование численности диких животных;
- проведение фенологических наблюдений;
- содействие в проведении научно-исследовательских работ без нарушения установленного режима заказника;
- пропаганда передового опыта охраны природы и животного мира, организация и развитие туризма.
2.2. На территории заказника "Мухейский" запрещаются:
- все виды охоты на зверей и птиц, разорение гнезд, нор и других убежищ и жилищ в течение всего года;
- нахождение на территории заказника с оружием, орудиями лова, собаками;
- применение ядохимикатов;
- повреждение и уничтожение аншлагов, вывесок, опознавательных знаков;
- отвод земель под фермерские хозяйства;
- выпас скота с применением собак;
- засорение территории отходами производственной деятельности, мусором, водоемов - нефтепродуктами;
- выжигание болотной и луговой растительности, пускание палов, разведение костров в пожароопасный период;
- всякая деятельность юридических и физических лиц, причиняющая прямой или косвенный вред диким животным, влекущая за собой гибель зверей и птиц и нарушение среды их обитания;
- рубка леса на особо защитных участках (ОЗУ);
- устройство привалов, бивуаков, туристических стоянок и лагерей без согласования с администрацией заказника.
2.3. Заказник обозначается на местности предупредительными и информационными знаками по периметру их границ.
2.4. На территории заказника "Мухейский" допускаются:
- пребывание работников лесхозов и других учреждений, землепользователей и водопользователей при выполнении ими служебных обязанностей с соблюдением режима заказника;
- экологический туризм, посещение туристами заказника в отведенных для этих целей местах в установленные сроки с разрешения администрации заказника под контролем егерской службы;
- регулирование численности (отстрел, отлов, живоотлов) диких жи-зотных, обитающих на территории заказника, производится в установленные сроки с привлечением охотников в организованном порядке по разрешению и под контролем службы госохотнадзора Республики Бурятия.
2.5. Лица, виновные в нарушении режима государственного заказника, привлекаются к административной, уголовной или иной ответственности в соответствии с действующим законодательством