5.1. Главное управление возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором Смоленской области.
5.2. Начальник Главного управления имеет двух заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Губернатором Смоленской области.
5.3. Начальник Главного управления:
5.3.1. Организует работу Главного управления, осуществляет руководство им на принципе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Главное управление задач и функций.
5.3.2. Действует без доверенности от имени Главного управления, представляет его интересы, заключает договоры и соглашения, выдает доверенности, совершает иные юридические действия по вопросам, отнесенным к компетенции Главного управления.
5.3.3. Издает в установленном порядке приказы, обязательные для исполнения работниками Главного управления, контролирует их исполнение, утверждает положения о структурных подразделениях Главного управления и должностные регламенты работников Главного управления.
5.3.4. Назначает на должность и освобождает от должности работников Главного управления. Применяет к работникам Главного управления меры поощрения и налагает на них дисциплинарные взыскания за неисполнение или ненадлежащее исполнение возложенных на них обязанностей.
5.3.5. Организует работу по подбору и расстановке кадров, их подготовке, переподготовке, повышению квалификации и стажировке.
5.3.6. Вносит предложения по совершенствованию структуры Главного управления, представляет на утверждение Администрации Смоленской области структуру и штатное расписание Главного управления.
5.3.7. Решает в соответствии с федеральным и областным законодательством о государственной гражданской службе вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы Смоленской области в Главном управлении.
5.3.8. Распоряжается в установленном порядке имуществом и средствами Главного управления, обеспечивает соблюдение финансовой и учетной дисциплины.
5.3.9. Осуществляет иные полномочия в соответствии с федеральными и областными нормативными правовыми актами.
5.4. В Главном управлении создается консультативно-совещательный орган - коллегия в составе, определяемом правовым актом Губернатора Смоленской области.