5.1. Департамент возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором Смоленской области.
5.2. Начальник Департамента имеет одного заместителя, назначаемого на должность и освобождаемого от должности Губернатором Смоленской области.
Заместитель начальника Департамента выполняет обязанности начальника Департамента в его отсутствие без издания соответствующего распорядительного акта.
5.3. Начальник Департамента:
5.3.1. Осуществляет руководство Департаментом на принципе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Департамент задач.
5.3.2. Издает в установленном порядке приказы, дает указания, обязательные для выполнения работниками Департамента, утверждает должностные инструкции, положения о его структурных подразделениях, а также в установленном порядке контролирует их исполнение.
5.3.3. Издает приказы о выдаче лицензий или об отказе в их выдаче , приостановлении и возобновлении действия лицензий, аннулировании лицензий в соответствии с законодательством Российской Федерации.
5.3.4. Действует без доверенности от имени Департамента, представляет его интересы на территории Смоленской области и за ее пределами.
5.3.5. Назначает в установленном порядке на должность и освобождает от должности работников Департамента.
5.3.6. Обеспечивает в установленном порядке взаимодействие Департамента с государственными органами по вопросам, отнесенным к компетенции Департамента.
5.3.7. Заключает в пределах своей компетенции договоры и соглашения, выдает доверенности, совершает иные юридические действия.
5.3.8. Обеспечивает соблюдение работниками Департамента трудовой дисциплины, налагает дисциплинарные взыскания в соответствии с законодательством Российской Федерации.
5.3.9. Открывает и закрывает счета в учреждениях банков, распоряжается в установленном порядке денежными средствами Департамента.
5.3.10. Обеспечивает соблюдение финансовой дисциплины, сохранность средств и материальных ценностей.
5.3.11. Осуществляет иные полномочия в соответствии с законодательством Российской Федерации.
5.4. Департамент в установленном порядке осуществляет бухгалтерский, статистический и оперативный учет и отчетность.