5.1. Департамент возглавляет начальник, который назначается на должность и освобождается от должности Губернатором Смоленской области по согласованию с федеральными органами управления образованием.
5.2. Начальник Департамента:
а) осуществляет руководство деятельностью Департамента на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на него задач и функций;
б) определяет функциональные обязанности своих заместителей и начальников структурных подразделений Департамента;
в) издает в пределах своей компетенции приказы и контролирует их исполнение;
г) назначает на должность и освобождает от должности в установленном порядке работников Департамента;
д) распределяет обязанности между сотрудниками Департамента, утверждает должностные инструкции;
е) контролирует соблюдение работниками Департамента трудовой дисциплины, поощряет и налагает дисциплинарные взыскания на работников Департамента;
ж) осуществляет другие полномочия в соответствии с федеральным и областным законодательством;
з) применяет дисциплинарные взыскания (за исключением увольнения) к руководителям областных государственных предприятий и областных государственных учреждений, находящихся в ведении Департамента, и принимает решения по иным кадровым вопросам, не отнесенным областными законами и иными нормативными правовыми актами Смоленской области к полномочиям Администрации Смоленской области в отношении этих руководителей.
5.3. При Департаменте создается коллегия, состав которой утверждается правовым актом Губернатора Смоленской области. Коллегия рассматривает на своих совещаниях основные вопросы, отнесенные к компетенции Департамента.
5.4. Департамент в установленном порядке осуществляет бухгалтерский, статистический и оперативный учет и отчетность.