5.1. Департамент возглавляет начальник, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором Смоленской области по согласованию со Смоленской областной Думой.
5.2. Начальник Департамента осуществляет руководство Департаментом на основе единоначалия и несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Департамент задач и функций.
5.3. Начальник Департамента имеет первого заместителя и заместителя, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Губернатором Смоленской области.
5.4. Начальник Департамента:
5.4.1. Руководит деятельностью Департамента.
5.4.2. Издает в соответствии и в порядке, определенном областным законодательством, правовые акты, направленные на реализацию возложенных на Департамент задач.
5.4.3. Дает указания, обязательные для исполнения должностными лицами Департамента, утверждает должностные инструкции и положения о его структурных подразделениях, а также в установленном порядке контролирует их исполнение.
5.4.4. Действует без доверенности от имени Департамента, представляет его интересы на территории Смоленской области и за ее пределами.
5.4.5. В установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности работников Департамента.
5.4.6. Обеспечивает в установленном порядке взаимодействие Департамента с государственными органами по вопросам, отнесенным к компетенции Департамента.
5.4.7. Распределяет обязанности между своими заместителями.
5.4.8. В пределах своей компетенции заключает договоры и соглашения, выдает доверенности, совершает иные юридические действия.
5.4.9. Обеспечивает соблюдение работниками Департамента трудовой дисциплины, налагает дисциплинарные взыскания в соответствии с законодательством Российской Федерации.
5.4.10. Открывает и закрывает счета в учреждениях банков, распоряжается в установленном порядке средствами Департамента.
5.4.11. Обеспечивает соблюдение финансовой дисциплины, сохранность средств и материальных ценностей.
5.4.12. Осуществляет иные полномочия в соответствии с федеральным и областным законодательством.