Бюджетная система области состоит из двух уровней: первый - областной бюджет и бюджеты государственных областных (территориальных) бюджетных и внебюджетных фондов, второй - местные бюджеты, бюджеты муниципальных бюджетных и внебюджетных фондов.
Состав бюджетов государственных территориальных (областных) бюджетных фондов, включаемых в областной бюджет, устанавливается законом области об областном бюджете.
В области, в соответствии с законами Российской Федерации, разрабатываются, рассматриваются и исполняются бюджеты государственных внебюджетных фондов - отделения Пенсионного фонда Российской Федерации, регионального отделения Фонда социального страхования Российской Федерации, территориального фонда обязательного медицинского страхования, Государственного фонда занятости населения по Вологодской области.
Местные бюджеты подразделяются на городские бюджеты (бюджеты городов), районные бюджеты (бюджеты районов) и бюджеты других муниципальных образований.