Управление федерального казначейства Министерства финансов Российской Федерации по Вологодской области осуществляет контроль за исполнением областного и местных бюджетов, государственных областных (территориальных) и муниципальных бюджетных и внебюджетных фондов на условиях заключаемых соглашений с администрацией области, органами местного самоуправления и органами управления фондами о казначейском исполнении областного бюджета, местных бюджетов и бюджетов фондов.
При осуществлении контроля за деятельностью главных распорядителей бюджетных средств, уполномоченных банков, бюджетополучателей, иных участников бюджетного процесса проверяются целевое использование, своевременность перечисления и полнота возврата бюджетных средств, внесения платы за их использование, а также эффективность использования бюджетных средств государственными и муниципальными органами, бюджетными учреждениями и иными бюджетополучателями.