Контроль за реализацией Программы осуществляет Департамент здравоохранения Тверской области. В качестве инструмента контроля за ходом исполнения Программы предусматривается подготовка и представление ежеквартальных отчётов в Департамент экономики и промышленной политики Тверской области о ходе выполнения Программы.
Кроме того, до 20 марта 2006 г. государственный заказчик представляет Губернатору Тверской области доклад о реализации Программы. Копия данного доклада направляется также в Департамент экономики и промышленной политики Тверской области. Отчет о реализации Программы представляется для утверждения в Законодательное Собрание Тверской области.