Управление реализацией Программы осуществляется департаментом здравоохранения администрации Тверской области.
С учетом выделяемых на реализацию Программы финансовых средств департамент здравоохранения ежегодно проводит анализ затрат по программным мероприятиям , оценку механизма ее реализации, при необходимости вносит предложения в департамент экономики и промышленной политики , и в департамент финансов администрации области о корректировке Программы в установленном порядке.
Контроль за реализацией Программы осуществляет государственный заказчик - департамент здравоохранения администрации области. В качестве контроля за ходом исполнения Программы предусматривается подготовка и представление ежеквартальных отчетов в департамент экономики и промышленной политики администрации области о ходе выполнения Программы.
Ежегодно, до 20 марта государственный заказчик представляет Губернатору Тверской области доклад о ходе реализации Программы в истекшем году. Копия данного доклада направляется также в департамент экономики и промышленной политики администрации области.