Государственным заказчиком, возглавляющим управление и осуществляющим контроль за реализацией Программы, является Департамент по социально-экономическому развитию села, оперативное управление осуществляет отдел материально-технических ресурсов и охраны труда. В районах эту работу будут проводить муниципальные органы управления агропромышленным комплексом.
Реализация целевой Программы осуществляется на основе контрактов (договоров) на закупку и поставку продукции и услуг для областных государственных нужд, заключаемых на конкурсной основе между Департаментом с каждым из исполнителей программных мероприятий. Контракт определяет права и обязанности обеих сторон по обеспечению государственных нужд и предусматривает контроль Департамента, как госзаказчика программы, за ходом работ по выполнению контракта. Исполнители отдельных мероприятий Программы определяются на конкурсной основе в установленном порядке.
Департамент, с учетом выделяемых на реализацию программы финансовых средств, ежегодно уточняет целевые показатели и затраты по программным мероприятиям, механизм реализации программы и состав исполнителей.
Департамент готовит ежеквартальный отчет о ходе реализации программы по перечню программных мероприятий и направляет его в Комитет экономики Администрации области. Кроме того, ежегодно, до 20 марта представляет Губернатору Тверской области доклад о ходе реализации в истекшем году областной целевой Программы, а также в Законодательное Собрание Тверской области в комитет экономики администрации области и средства массовой информации.