Основными задачами Госкомитета являются:
2.1. Координация и регулирование деятельности в установленной сфере ведения в соответствии с пунктом 1.1 настоящего Положения, в том числе участие в осуществлении инвестиционной деятельности, а также оказание содействия формированию и развитию рыночных отношений.
2.2. Координация развития республиканской транспортной инфраструктуры, организация оптимального взаимодействия различных видов транспорта в целях максимального удовлетворения спроса населения и потребностей Республики Башкортостан в транспортных услугах, сокращения транспортных издержек.
2.3. Государственное регулирование в сфере осуществления пассажирских перевозок населения автомобильным, железнодорожным, внутренним водным, воздушным транспортом пригородного и межмуниципального сообщения на территории Республики Башкортостан в пределах своей компетенции.
2.4. Координация грузовых перевозок предприятиями транспорта, кроме трубопроводного и промышленного железнодорожного транспорта, на территории Республики Башкортостан.
2.5. Реализация мер по обеспечению сохранности автомобильных дорог, планирование и осуществление дорожной деятельности в отношении автомобильных дорог общего пользования Республики Башкортостан регионального или межмуниципального значения (далее - автомобильные дороги регионального или межмуниципального значения).
2.6. Координация деятельности предприятий и организаций транспортного комплекса и дорожного хозяйства по вопросам, относящимся к компетенции Госкомитета.
2.7. Координация работы в области ценообразования и тарифной политики на транспорте, обеспечение разработки и утверждения индексов изменения сметной стоимости при строительстве, реконструкции, ремонте и содержании автомобильных дорог регионального и межмуниципального значения, осуществляемых за счет средств бюджета Республики Башкортостан, к базовому уровню цен.