5.1. Госкомитет возглавляет председатель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Президентом Республики Башкортостан по представлению Премьер-министра Правительства Республики Башкортостан.
Председатель имеет заместителей, в том числе одного первого заместителя, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Правительством Республики Башкортостан по согласованию с Президентом Республики Башкортостан. В случае временного отсутствия председателя его обязанности исполняет первый заместитель председателя.
Председатель в установленном порядке несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Госкомитет задач и осуществление Госкомитетом своих функций.
5.2. Председатель:
5.2.1. Руководит деятельностью Госкомитета.
5.2.2. Утверждает структуру и штатное расписание аппарата Госкомитета в пределах установленных численности работников и фонда оплаты труда, а также положения о структурных подразделениях Госкомитета.
5.2.3. Вносит в установленном порядке на рассмотрение Правительства Республики Башкортостан проекты нормативных правовых актов по вопросам, входящим в компетенцию Госкомитета.
5.2.4. Представляет Госкомитет во всех учреждениях и организациях, без доверенности действует от его имени.
5.2.5. Представляет в установленном порядке Госкомитет во взаимоотношениях с органами государственной власти Российской Федерации, органами государственной власти субъектов Российской Федерации, органами государственной власти иностранных государств, а также международными организациями.
5.2.6. Распределяет обязанности между своими заместителями и руководителями структурных подразделений Госкомитета.
5.2.7. Назначает на должность и освобождает от должности работников аппарата Госкомитета, утверждает уставы подведомственных предприятий и учреждений, в установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности их руководителей, заключает с ними трудовые договоры.
5.2.8. Утверждает смету расходов на содержание аппарата Госкомитета в пределах бюджетных ассигнований, установленных на его содержание.
5.2.9. Представляет в установленном порядке особо отличившихся работников к присвоению почетных званий и награждению государственными наградами Российской Федерации и Республики Башкортостан.
5.3. В Госкомитете создается коллегия в составе председателя Госкомитета (председатель коллегии), его заместителей, входящих в нее по должности, ответственных работников аппарата Госкомитета. В состав коллегии могут быть включены представители министерств, государственных комитетов и ведомств, органов местного самоуправления Республики Башкортостан, руководители предприятий и организаций.
Состав и численность коллегии Госкомитета утверждаются Президентом Республики Башкортостан по представлению Правительства Республики Башкортостан. Члены коллегии, не входящие в ее состав по должности, могут быть введены в состав коллегии по предложению председателя Госкомитета.
Коллегия на своих заседаниях рассматривает важнейшие вопросы в установленной сфере деятельности Госкомитета. Решение коллегии оформляется соответствующим нормативным актом Госкомитета.
На заседаниях коллегии в необходимых случаях участвуют руководители органов государственной власти, организаций и предприятий, ученые и специалисты, имеющие непосредственное отношение к обсуждаемым вопросам.
Решения коллегии принимаются большинством голосов присутствующих на заседании членов коллегии.
В случае разногласий между председателем Госкомитета и членами коллегии председатель Госкомитета проводит свое решение, докладывая о возникших разногласиях в Правительство Республики Башкортостан. Члены коллегии также могут сообщить свое особое мнение в Правительство Республики Башкортостан.
5.4. Для рассмотрения вопросов развития строительства, архитектуры, градостроительства Госкомитет вправе образовывать координационные советы.
Состав данных советов и положения о них утверждаются председателем Госкомитета.
5.5. Реорганизация и ликвидация Госкомитета осуществляются Президентом Республики Башкортостан.