Общий контроль за реализацией Подпрограммы осуществляет отдел по гуманитарным вопросам и делам национальностей Аппарата Правительства Республики Башкортостан.
Также координацию и контроль за выполнением Подпрограммы осуществляют:
Государственный комитет Республики Башкортостан по молодежной политике;
Министерство образования Республики Башкортостан;
Министерство здравоохранения Республики Башкортостан;
Министерство по физической культуре, спорту и туризму Республики Башкортостан.