Эксперты Всемирного фонда дикой природы выделили более 200 приоритетных экологических регионов Земли - так называемые Global 200, в которых сосредоточено наибольшее количество видов живых организмов. Одним из таких регионов является Республика Башкортостан. Здесь представлен весь спектр природных сообществ - от тундры до степей. Лесистость республики составляет 2/5 ее территории. Леса удивляют своим разнообразием: темнохвойная елово-пихтовая тайга плавно переходит в светлохвойные сосновые, сосново-лиственничные, затем широколиственные и лиственные леса.
На территории экорегиона очень высокое разнообразие природных сообществ, видовое разнообразие, плотность и абсолютная численность видов, в том числе редких и исчезающих. Сложный рельеф и труднодоступность способствовали сохранению уникальных участков дикой природы в первозданном виде. В 2000 г. Всемирным фондом дикой природы начата реализация проекта "Сохранения биоразнообразия в Уральском экорегионе", а 1 сентября 2003 года в Республике Башкортостан была утверждена первая в России Концепция развития системы охраняемых природных территорий (СОПТ), разработанная по инициативе Всемирного фонда дикой природы.
Сеть включит в себя существующие и новые охраняемые территории, соединив их так называемыми "зелеными коридорами" - по ним будет осуществляться генетический обмен видов. В результате исследований во всем мире оказалось, что существующая ныне система изолированных - "островных" - заповедных территорий малоэффективна для их долгосрочного сохранения. Возник лозунг "От островов - к экосетям!", который сейчас реализуется на Южном Урале.
Сохранение окружающей среды и биоразнообразия в лесах осуществлялось в рамках правового поля действующих нормативных документов в рамках республиканской целевой программы "Экология и природные ресурсы Республики Башкортостан" (2004 - 2010 годы). К нему относится как регулирование сроков лесохозяйственной деятельности в период гнездовья птиц, выделение защитных лесов и исключение участков леса из хозяйственной деятельности (в республике запрещена рубка лиственницы), создание лесных культур из хозяйственно-ценных пород, так и общее облагораживание территории (строительство водохранилищ на реках Бузавлык Зилаирского, Нугуш Туймазинского, Тюлян Альшеевского, Аургазы Аургазинского, р. Стивеньзя Ермекеевского районов).
В сохранении и обогащении биоразнообразия лесов большую роль сыграли создание лесных культур из сосны сибирской (210 га), лиственницы Сукачева, ели колючей, ясеня зеленого (720 га) и ввод в состав культур интродуцентов (бархат амурский, орех маньчжурский).
Создание сети ООПТ служит не только для сохранения окружающей среды, видового биоразнообразия растений и животных, но и для распространения их по территории промышленно развитых районов, подверженной антропогенной деятельности, и является достаточным для сохранения биоразнообразия. По их созданию и развитию проделана значительная работа, площадь доведена до 1226 тыс. га (8,54%) всей территории республики.
Проектом Всемирного фонда дикой природы WWF "Сохранение биоразнообразия в Уральском регионе" предполагается существенно увеличить площади заповедника "Шульган-Таш", специализирующегося на бортевом пчеловодстве, организовать охранные зоны вокруг заповедников "Башкирский" и "Южно-Уральский" как единственного места на земном шаре, где бортничество сохранилось в первозданном виде.
Уменьшение вредного воздействия на окружающую среду и обеспечение восстановления природных компонентов при промышленной заготовке леса всецело зависит от соблюдения Правил заготовки древесины, противопожарных и лесозащитных мероприятий, режима ведения хозяйства в водоохранной зоне в соответствии с "Водным кодексом Российской Федерации" (2006 г.). В повышении эффективности проводимых целевых программ по сохранению природной среды существенный вклад внесло издание фундаментальных работ и монографий.