Общая площадь особо охраняемых природных территорий Республики Башкортостан на 01.01.2016 составляет 956,0 тыс. га (6,7% от всей территории республики), в том числе федерального значения 380396 га, регионального - 575626,1 га.
По данным государственной статистики земли особо охраняемых природных территорий федерального значения располагаются на площади, составляющей 2,7% территории республики. К ним относятся: 3 государственных природных заповедника ("Башкирский", "Шульган-Таш", "Южно-Уральский") и национальный парк ("Башкирия"), которые находятся в федеральном подчинении Министерству природных ресурсов и экологии РФ. На территории заповедников полностью исключена хозяйственная деятельность. На территории национального парка "Башкирия" установлен дифференцированный режим хозяйственной деятельности (заповедный, рекреационный, туристический, для обслуживания посетителей).
ООПТ регионального значения располагаются на площади, составляющей 4,0% территории республики. Природные парки, государственные природные заказники, памятники природы - находятся в ведении органов государственной власти Башкортостана и входят в состав лесничеств лесного фонда Башкортостана и других землепользователей. Леса ООПТ, расположенные в лесничествах, относятся к защитным и исключены из расчета главного пользования. На этих территориях запрещена любая хозяйственная деятельность. Природные парки РБ ("Аслы-Куль", "Кандры-Куль", "Мурадымовское ущелье", "Иремель") сочетают в себе функции охраны природной территории рекреационного назначения и рационального использования природных ресурсов. В государственных природных заказниках (всего 27, в том числе 17 - зоологических, 3 - ландшафтных, 7 - ботанических) охраняется какой-либо один из компонентов природного комплекса (ценные и лекарственные растения, охотничье-промысловые животные, ландшафты и т.д.), режим территории определяется Правительством РБ.
На территории ООПТ расположены природные объекты, подлежащие охране, поэтому хозяйственная деятельность запрещена. В республике имеется 182 памятника природы, из которых 55 ботанических, 5 зоологических, 22 гидрологических, 21 геологических, 45 комплексных, 34 дендрологических. Перечень особо охраняемых природных территорий приводится в приложении 3.3.
Почти все ООПТ Республики Башкортостан, кроме заповедников и заповедных зон парков, находятся в той или иной степени в хозяйственном использовании. В дендропарках и на берегах озер отдыхают люди, пещеры и другие живописные объекты активно посещаются экскурсантами и туристами, минеральные и термальные источники используются в лечебно-оздоровительных учреждениях, в лесах проводятся санитарные рубки и пр. Как правило, эти антропогенные воздействия не наносят существенного вреда, тем не менее, как показывает опыт, требуется обоснованное регулирование каждого вида пользования для каждой конкретной территории.
Для каждой ООПТ в соответствии с ее статусом и видом в нормативных документах о создании ООПТ устанавливается специальный режим охраны лесов, ведения лесного хозяйства и лесоэксплуатации. Перечень особоохраняемых природных территорий по лесничествам, с характеристикой режима ведения хозяйства в них, приведен в приложении 1.1
В соответствии с Федеральным законом от 14 марта 1995 г. N 33-ФЗ "Об особо охраняемых природных территориях" (ст. 15) только на территории национального парка установлен дифференцированный режим особой охраны в различных функциональных зонах парка:
а) в заповедной зоне запрещены любая хозяйственная деятельность и рекреационное использование территории;
б) в особо охраняемой зоне обеспечиваются условия для сохранения природных комплексов и объектов и допускается строго регулируемое посещение;
в) рекреационная зона предназначена для отдыха;
г) зона познавательного туризма предназначена для организации экологического просвещения и ознакомления с достопримечательными объектами национального парка;
д) зона обслуживания посетителей предназначена для размещения мест ночлега, палаточных лагерей и иных объектов туристского сервиса, культурного, бытового и информационного обслуживания посетителей;
е) в зоне хозяйственного назначения осуществляется хозяйственная деятельность, необходимая для обеспечения функционирования национального парка.
На территории заповедников выделена лишь одна функциональная зона - заповедная.