Инновационная деятельность в Республике Башкортостан осуществляется исходя из следующих основных принципов:
1) направленность на введение в гражданский оборот результатов научных исследований и разработок, научно-технических или технологических достижений, воплощенных в форме новых или усовершенствованных товаров, услуг или технологических процессов, в том числе по приоритетным направлениям социально-экономического развития Республики Башкортостан;
2) концентрация производственного и интеллектуального потенциала, материальных и финансовых ресурсов на направлениях с высокой степенью готовности инновационного продукта;
3) ориентирование на отечественные научно-технологические, интеллектуальные и производственные ресурсы;
4) ориентирование на развитие ресурсосберегающих, безопасных и экологически чистых производств;
5) направленность на обеспечение занятости населения Республики Башкортостан;
6) равенство прав на государственную поддержку субъектов инновационной деятельности, отвечающих требованиям настоящего Закона;
7) сочетание общегосударственных, республиканских, местных интересов и интересов субъектов инновационной деятельности;
8) равенство ответственности всех субъектов инновационной деятельности.