Департамент осуществляет следующие полномочия:
2.1. Организация и осуществление охраны и воспроизводства объектов животного мира, за исключением объектов животного мира, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, а также охрана среды обитания указанных объектов животного мира.
2.2. Осуществление федерального государственного надзора в области охраны и использования объектов животного мира и среды их обитания на территории Ярославской области, за исключением объектов животного мира и среды их обитания, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, расположенных на территории Ярославской области.
2.3. Организация и осуществление сохранения и использования охотничьих ресурсов и среды их обитания, за исключением охотничьих ресурсов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения.
2.4. Осуществление федерального государственного охотничьего надзора на территории Ярославской области, за исключением особо охраняемых природных территорий федерального значения.
2.5. Организация и регулирование промышленного, любительского и спортивного рыболовства на территории Ярославской области.
2.6. Осуществление охраны водных биоресурсов на внутренних водных объектах, за исключением особо охраняемых природных территорий федерального значения и пограничных зон, а также водных биоресурсов внутренних вод, занесенных в Красную книгу Российской Федерации, анадромных и катадромных видов рыб, трансграничных видов рыб и других водных животных, перечни которых утверждаются Федеральным агентством по рыболовству.