Управление программой осуществляется с помощью нормативно-правовых и экономических рычагов. Контроль за реализацией программы возлагается на Государственный комитет охраны окружающей среды Ярославской области, Комитет природопользования департамента АПК, природопользования и потребительского рынка Администрации Ярославской области и областной центр Госсанэпиднадзора.
Мероприятия программы, связанные с реализацией проектов по переработке и обезвреживанию отходов, выполняются только при наличии положительного заключения государственной экологической экспертизы.
Заказы на выполнение программных мероприятий размещаются в организациях, учреждениях и на предприятиях посредством заключения государственных контрактов на конкурсной основе.
Государственный заказчик программы ежегодно готовит бюджетную заявку на финансирование программы, уточняет целевые показатели и затраты по программным мероприятиям, механизм реализации программы, состав исполнителей, сроки реализации мероприятий и др. Для этого ежегодно запрашивает у исполнителей программных мероприятий, нуждающихся в финансировании из государственных бюджетов области, муниципальных образований и экологических фондов, документы, подтверждающие объемы финансирования. Текущий контроль за реализацией программы осуществляется межведомственным координационным Советом, созданным при Администрации области. В ходе реализации Программы возможна корректировка первоочередных мероприятий и перераспределение средств внутри программы с целью их концентрации на узловых проблемах.
Контроль за реализацией Программы проводится на всех стадиях выполнения программных мероприятий и оценки последствий их осуществления с использованием специальной оперативной отчетности, авторского надзора и др.
На всех стадиях реализации программы контролируются и оцениваются:
- выполнение этапов, программных заданий и показателей по содержанию, объемам, исполнителям, срокам и т.д.
- затраты ресурсов и эффективность их использования;
- экономическая эффективность мероприятий;
- корректировка целей и показателей программы;
- соблюдение законодательства, стандартов, правил, ограничений;
- эффективность управления программой.