Органом управления здравоохранением Ярославской области является уполномоченное структурное подразделение Администрации Ярославской области, обеспечивающее проведение государственной политики в вопросах охраны здоровья жителей и осуществляющее руководство здравоохранением на территории Ярославской области.
Функции органа управления здравоохранением муниципального образования выполняют уполномоченные органы или должностные лица местного самоуправления в соответствии с уставом муниципального образования.
Взаимоотношения между органом управления здравоохранением Ярославской области и органами управления здравоохранением муниципальных образований регулируются законодательством Российском Федерации и Ярославской области, а также соглашениями и договорами.