Координацию и внутренний контроль за выполнением мероприятий Программы осуществляет рабочая группа при департаменте здравоохранения и фармации, которую возглавляет зам. директора департамента здравоохранения и фармации Администрации области Шалопьев А.Г., внешний контроль - управление по социальной политике Администрации Ярославской области.
Контроль за использованием бюджетных средств осуществляется департаментом финансов области.