Функциями отдела являются:
- организация взаимодействия Губернатора и Администрации области с командованием войсковых частей, учреждений, военно-учебных заведений, военных комиссариатов, РОСТО, правоохранительными органами, подразделениями юстиции и судебными органами;
- участие в разработке нормативно-правовых актов Ярославской области по вопросам деятельности военных комиссариатов, правоохранительных органов;
- разработка предложений и координация мероприятий по соблюдению на территории области законодательства Российской Федерации в части осуществления деятельности правоохранительных и контролирующих органов;
- обеспечение Губернатора и Администрации области необходимой информацией о состоянии решения оборонных вопросов на территории области, полноте выполнения Закона Российской Федерации "О статусе военнослужащих", социальной защищенности военнослужащих и лиц, уволенных с военной службы, и членов их семей;
- осуществление сбора и анализа информации по вопросам борьбы с организованной преступностью и коррупцией, преступностью в целом;
- осуществление контроля и оказание практической помощи органам местного самоуправления муниципальных образований по выполнению законодательных актов Российской Федерации по оборонным вопросам, в организации их взаимодействия с органами внутренних дел и общественности по вопросам борьбы с преступностью в области;
- содействие военным комиссариатам в организации и проведении призыва граждан на военную службу, военнообязанных - на учебные сборы;
- своевременное рассмотрение предложений, заявлений, жалоб военнослужащих и гражданских лиц по вопросам, входящим в компетенцию отдела;
- организационное обеспечение и оказание необходимой помощи в проводимых в установленном законом порядке оперативно-розыскных и следственных мероприятий, целевых операций по борьбе с преступностью и коррупцией, выявление с использованием имеющихся возможностей фактов, связанных с нарушениями Указа Президента Российской Федерации от 04.04.92 N 361 "О борьбе с коррупцией в системе государственной службы", Федерального закона «Об основах государственной службы Российской Федерации; (абзац 10 в редакции постановления Губернатора Ярославской области от 04 января 2001 года N 5)
- по поручению Губернатора области участие в установленном порядке в проведении проверок по заявлениям и сообщениям о причастности к коррупции государственных служащих органов исполнительной власти, получение от них необходимых объяснений и справок, знакомство с материалами их личных дел; (абзац 11 в редакции постановления Губернатора Ярославской области от 04 января 2001 года N 5)
- осуществление взаимодействия с ветеранскими организациями по вопросам военно-патриотического воспитания молодежи, социальной защиты лиц, уволенных со службы органов внутренних дел, военной службы и членов их семей, проведения мероприятий, связанных с памятными событиями военной истории Отечества;
- участие в заседаниях Государственной Думы Ярославской области, Администрации области, коллегии правоохранительных органов при рассмотрении вопросов, находящихся в компетенции отдела;
- участие в работе комиссии по вопросам нецелевого использования бюджетных средств, задержек выплаты заработной платы, непоступлений налогов в бюджет, использования валютных кредитов, заключения договоров инвестиций;
- осуществление в пределах своей компетенции контроля за выполнением нормативно-правовых актов Губернатора и Администрации области по военным вопросам и проблемам борьбы с преступностью, коррупцией и охраны общественного порядка.