Для обеспечения управления и внутреннего контроля реализации программы предусматривается создание комиссии из ведущих специалистов под руководством заместителя главного врача по эпидемиологическим вопросам центра Госсанэпиднадзора в Ярославской области.
Контроль будет осуществляться на основании государственной статистической отчётности, заключённых договоров и включать:
периодическую отчетность исполнителей о реализации программных мероприятий;
контроль за целевым и эффективным использованием выделяемых средств;
контроль за соблюдением сроков и качества выполнения договоров и объемов запланированных работ.
Комиссия будет проводить анализ, обобщать информацию о ходе выполнения программы и ежегодно направлять аналитическую информацию и данные об эффективности использования финансовых средств в управление по социальной политике Администрации области.