Программа состоит из разделов по отдельным направлениям работы:
1. Предупреждение распространения ВИЧ-инфекции через донорскую кровь и медицинские манипуляции в лечебно-профилактических учреждениях.
2. Развитие материально-технической базы службы борьбы со СПИДом Ярославской области.
3. Профилактика распространения ВИЧ-инфекции среди населения области.
4. Обеспечение лечебно-диагностической помощи ВИЧ-инфицированным.
5. Эпидемиологический надзор за ВИЧ-инфекцией.
6. Подготовка кадров по вопросам диагностики, лечения и профилактики ВИЧ-инфекции.
7. Прикладные исследования по проблеме ВИЧ-инфекции.
8. Санитарная охрана территории области от завоза ВИЧ-инфекции.
9. Социальная защита ВИЧ-инфицированных и членов их семей.