Финансирование мероприятий Программы обеспечивается за счет средств областного бюджета с привлечением средств федерального, местных бюджетов и внебюджетных источников.
В целом на реализацию Программы в 2008-2010 годах предусматриваются расходы в размере 2 136 841, 8 тыс. рублей. Из средств областного бюджета - 489 787,9 тыс. рублей, в том числе в 2008 году - 92 810,1 тыс. рублей, в 2009 году - 199 600,0 тыс. рублей, в 2010 году - 197 377,8 тыс. рублей; из средств федерального бюджета (прогнозно) - 376 065,0 тыс. рублей; из средств местных бюджетов (прогнозно) - 8 888,9 тыс. рублей; из внебюджетных источников (прогнозно) - 1 262 100,0 тыс. рублей.
Порядок расходования средств областного бюджета, предусмотренных на поддержку малого и среднего предпринимательства, утверждается Правительством области.