Министерство сельского хозяйства области как государственный заказчик Программы организует работу по ее реализации.
Реализация Программы осуществляется на основе государственных контрактов на закупку и поставку продукции, оказание услуг для государственных нужд области, заключаемых министерством сельского хозяйства области с органами исполнительной власти (территориальным управлением Роспотребнадзора по Саратовской области, комитетом охраны окружающей среды и природопользования области), органами местного самоуправления, ведомствами, организациями и предприятиями, осуществляющими в установленном порядке деятельность по обращению пестицидов (ГУП "ГИТОС" ЗАТО Шиханы, ОАО "Уфахимпром", ЗАО "ПЭКОП" г.Санкт-Петербурга, ГУ ПП Полигон "Красный Бор" Ленинградской области, ООО "Фирма экстренного реагирования ХРЛ" г.Москвы и др.).
Общий контроль за реализацией Программы осуществляет Правительство области, министерство сельского хозяйства области в пределах компетенции и порядке, установленном для контроля за реализацией областных целевых программ, иные органы исполнительной власти.