Общий контроль за ходом реализации Программы осуществляет Правительство области.
Управление реализацией Программы осуществляется министерством здравоохранения области.
Министерство здравоохранения области как государственный заказчик Программы совместно с министерством экономики области, министерством финансов области и другими заинтересованными органами исполнительной власти области осуществляют контроль за ее выполнением.
Ежегодно на заседаниях коллегии министерства здравоохранения области рассматриваются вопросы о ходе реализации программных мероприятий, об эффективности использования финансовых средств.