Старейшая соборная церковь г. Кенигсберга была построена епископом Земландским Зигфридом, между 1297-1302 гг. на площадке между реками Преголя и Лебе. Уже в 20-х годах XIV века она оказалась маленькой для городского собора и по инициативе епископа Иоанна в северо-восточном углу местности Кнайпхоф было начато строительство нового собора.
Как документальная дата основания собора, принимается 13 сентября 1333 года, когда хормейстер Людерус дал согласие на продолжение постройки, однако фактически она бала начата раньше.
Новый Кафедральный собор был посвящен, судя по хронике 1335 года, высоко-священному телу Иисуса Христа и по хронике 1421 года деве Марии и всем святым и святому Адельберту.
В 1523 году в соборе состоялась первая в Кенигсберге евангелическая проповедь Иоанна Брисмана. В 1528 году собор становится собственностью округа Кнайпхоф.
Как Кафедральный собор Восточной Пруссии он служил местом захоронения наиболее видных представителей высшей светской и духовной иерархии, родовитого дворянства.
В Кафедральном соборе находилось более ста надгробий и эпитафий, размещавшихся внутри снаружи здания. Они были выполнены в разное время и на разном художественном уровне. Первое погребение относится к 1335 году: основателя собора великого магистра Тертонского ордена Людеруса фон Брауншвейта. Последнее погребение предположительно к 1809 году - мертворожденненного сына принципа Вильгельма и его жены Марианны, принцессы Гессен-Гамбургской. Здесь были захоронены великие магистры тевтонского ордена, епископы Земланда, в том числе видные сановники Ордена и герцогства профессора Кенигсбергского университета, члены их семей.
В 1588 году в северной части алтаря основано профессорское захоронение. У северо-восточного угла собора 28 февраля 1804 года захоронен великий немецкий философ Иммануил Кант. В 1924 году в связи с 200-летием со дня его рождения по проекту кенигсбергского архитектора Фридриха Ларса над могилой был воздвигнут портик, сохранившийся до настоящего времени. Надгробие и портик изготовлены кенигбрегской фирмой Отто Пехта.
В настоящее время на южной стороне примыкающей к собору территории, так называемой "епископской площади" сохранились могила и надгробный камень Юлиуса Руппа (1809-1884), основателя "Свободной католико-евангелической общины", деятеля демократического движения 40-х годов XIX в., члена прусского парламента в 1849-1862 гг., родного деда известной революционной художницы К. Кольвиц. Многие ученики Ю. Руппа стали активными социал-демократами.
В северной башне собора в 1650 году канцлер Мартин фонн Валленрод основал Валленродскую библиотеку. Она насчитывала около 10 тыс.томов и занимала одну комнату. В этой библиотеке были сосредоточены рукописные книги по истории и дворянских родов. В 1591 году надстроена вся алтарная часть и сделан новый алтарь, роспись которого выполнил художник Лукас из Виттеберга. В 1721 году в соборе был поставлен большой орган, а в 1888 году он был заменен новым, сделанным М. Терлецким. В 1833 году в связи с 500-летием весь собор был капитально отремонтирован.
На протяжении столетий собор неоднократно горел и перестраивался. Во время второй мировой войны в 1941-1945 гг. он был сильно поврежден в результате бомбардировок, попадания снарядов, а также пожаров. Внутреннее убранство не сохранилось, а каменные надгробия и плиты с эпитафиями сохранились лишь частично.
Несмотря на значительные повреждения, бывший Кафедральный собор принадлежит к числу старейших памятников культовой архитектуры и имеет большую архитектурно-художественную и историческую ценность.