Заказчиком Программы является администрация Калининградской области.
Для осуществления взаимодействия органов исполнительной власти управляемости процесса развития АПК области, в том числе реализации данной программы, при заказчике создается областная комиссия в составе представителей агропромышленного комитета, комитета по земельным ресурсам и землеустройству, финансового управления, налоговой инспекции, таможенного управления Союза фермеров, региональной ассоциации АККОР, института переподготовки кадров и агробизнеса, Калининградского филиала "Агропромбанка" и др.
На основании показателей программы и анализа хода выполнения программных мероприятий, администрация ежегодно подготавливает заявки для финансирования программы на федеральном уровне, а также предусматривает соответствующие средства на ее финансирование в областном бюджете.
Информацию о ходе выполнения агропромышленный комитет представляет в администрацию области ежегодно к 1 марта.