В соответствии с действующим законодательством неправомерные действия комиссии могут быть обжалованы в суд по обращению юридических лиц, являющихся заявителями или держателями лицензий.
Разногласия сторон могут также по инициативе любой из них рассматриваться и разрешаться в ФСТР России.