Управление Программой осуществляет Государственный комитет Псковской области по имущественным отношениям, который совместно с Государственным комитетом Псковской области по здравоохранению и фармации осуществляет координацию исполнения мероприятий Программы.
Контроль за выполнением мероприятий Программы, целевым расходованием выделяемых финансовых средств и эффективностью их использования осуществляет Администрация области и Государственное финансовое управление Псковской области.
Государственный комитет Псковской области по здравоохранению и фармации ежеквартально определяет результаты, производит оценку реализации Программы в целом и при необходимости в установленном порядке вносит предложения по внесению в Программу необходимых изменений.