Управление программой осуществляет Главное государственное управление сельского хозяйства, ветеринарии и государственного технического надзора Псковской области.
Контроль за ходом реализации программы осуществляется Главным государственным управлением сельского хозяйства, ветеринарии и государственного технического надзора Псковской области и Главным государственным финансовым управлением Псковской области.