Контроль за ходом выполнения мероприятий Программы осуществляется Администрацией области. Контроль за целевым расходованием выделяемых средств и эффективностью их использования осуществляется в установленном бюджетным законодательством порядке.
Координатор Программы ежегодно до 1 марта года, следующего за отчетным периодом, представляет в комитет по инвестициям Администрации области и Главное государственное финансовое управление Псковской области сведения об оценке эффективности реализации Программы за отчетный финансовый год по утвержденной форме.