Управление реализацией Программы осуществляет комитет по здравоохранению Администрации города.
Контроль за выполнением Программы осуществляют Администрация города и Псковская городская Дума. Ход реализации Программы ежегодно рассматривается на коллегии комитета по здравоохранению с приглашением заинтересованных комитетов и управлений Администрации города, на рабочих заседаниях комитета по социальным вопросам Псковской городской Думы, на заседаниях Совета Администрации города.
Комитет по здравоохранению ежегодно направляет в Администрацию города справку о ходе реализации Программы.