Организацию выполнения мероприятий программы осуществляет государственный заказчик программы. Государственный заказчик программы имеет право в установленном порядке вносить предложения по уточнению перечня мероприятий программы на очередной финансовый год, сроков их реализации, корректировать программные показатели и объемы финансирования мероприятий программы, а также механизм реализации программы.
Государственный заказчик программы обеспечивает своевременное направление поступающих из бюджета Забайкальского края ассигнований на реализацию программных мероприятий. Порядок предоставления субсидий за счет средств краевого бюджета на реализацию мероприятий программы устанавливается Правительством Забайкальского края. Получателями субсидий являются сельскохозяйственные товаропроизводители, организации по племенному животноводству и иные юридические и физические лица, имеющие право получения субсидий, предусмотренных настоящей программой и действующим законодательством.
Государственный заказчик программы ежегодно до 10 января года, следующего за отчетным годом, представляет в Министерство территориального развития Забайкальского края доклад о ходе выполнения мероприятий программы и эффективности использования финансовых средств.
Контроль за ходом выполнения мероприятий программы осуществляют заместитель председателя Правительства Забайкальского края по финансово-экономическим вопросам и Министерство территориального развития Забайкальского края.