Организацию выполнения мероприятий программы осуществляет главный распорядитель средств краевого бюджета, который ежегодно в установленном порядке вносит предложения по уточнению перечня мероприятий программы на очередной финансовый год, сроков их реализации, корректирует программные показатели и объемы финансирования мероприятий программы, а также механизм реализации программы. В течение финансового года в пределах средств, предусмотренных на реализацию программы, с учетом фактического выполнения мероприятий Главный распорядитель средств краевого бюджета программы имеет право самостоятельно перераспределять объемы финансирования в разрезе мероприятий без внесения изменений в программу в установленном порядке.
Главный распорядитель средств краевого бюджета обеспечивает своевременное направление поступающих из краевого бюджета ассигнований на реализацию программных мероприятий. Порядок предоставления субсидий за счет средств краевого бюджета на реализацию мероприятий программы устанавливается Правительством Забайкальского края. Получателями субсидий являются сельскохозяйственные товаропроизводители, организации по племенному животноводству и иные юридические и физические лица, имеющие право получения субсидий, предусмотренных настоящей программой.
Главный распорядитель средств краевого бюджета ежегодно до 15 января года, следующим за отчетным годом, представляет в уполномоченный орган доклад о ходе выполнения мероприятий программы и эффективности использования финансовых средств.
Контроль за ходом выполнения мероприятий программы осуществляют заместитель председателя Правительства Забайкальского края, координирующий вопросы развития сельского хозяйства, и Министерство территориального развития Забайкальского края.