Организацию выполнения мероприятий программы осуществляет государственный заказчик программы, который ежегодно в установленном порядке вносит предложения по уточнению перечня мероприятий программы на очередной финансовый год, сроков их реализации, корректирует программные показатели и объемы финансирования мероприятий программы, а также механизм реализации программы.
Государственный заказчик программы обеспечивает своевременное направление поступающих из бюджета Забайкальского края ассигнований на реализацию программных мероприятий. Порядок предоставления субсидий за счет средств краевого бюджета на реализацию мероприятий программы устанавливается Правительством Забайкальского края. Получателями субсидий являются сельскохозяйственные товаропроизводители, организации, осуществляющие первичную и последующую переработку, заготовку сельскохозяйственной продукции, организации по племенному животноводству и иные юридические и физические лица, имеющие право получения субсидий, предусмотренных настоящей Программой и действующим законодательством.
Государственный заказчик программы ежегодно до 10 января года, следующего за отчетным годом, представляет в Министерство территориального развития Забайкальского края доклад о ходе выполнения мероприятий программы и эффективности использования финансовых средств.
Контроль за ходом выполнения мероприятий программы осуществляют заместитель председателя Правительства Забайкальского края, координирующий вопросы развития сельского хозяйства, и Министерство территориального развития Забайкальского края.