Организацию выполнения мероприятий программы осуществляет государственный заказчик программы, который ежегодно в установленном порядке вносит предложения по уточнению перечня мероприятий программы на очередной финансовый год, сроков их реализации, корректирует программные показатели и объемы финансирования мероприятий программы, а также механизм реализации программы.
Мероприятия программы реализуются путем размещения государственных заказов в порядке, установленном федеральным законом.
Государственный заказчик программы обеспечивает своевременное направление поступающих из бюджета Забайкальского края ассигнований на реализацию программных мероприятий.
Государственный заказчик программы ежегодно до 10 января года, следующего за отчетным годом, представляет в исполнительный орган государственной власти, уполномоченный Правительством Забайкальского края, доклад о ходе выполнения мероприятий программы и эффективности использования финансовых средств.
Контроль за ходом выполнения мероприятий программы осуществляют заместитель председателя Правительства Забайкальского края, координирующий вопросы здравоохранения, и Министерство территориального развития Забайкальского края.