На территории Нерчинского лесничества отсутствуют особо охраняемые природные территории федерального значения.
Кадастром ООПТ Читинской области (Чита, 2005 год) предлагается к резервированию с дальнейшей организацией ООПТ два объекта:
1) резервная территория в среднем течении реки Нерча общей площадью около 88 тыс. га, территория которой включает речную долину р. Нерча в среднем течении (от места впадения р. Ульдурга - правого притока, до с. Олинск), а основные объекты охраны - рогульник плавающий, таймень (Hucho taimen);
2) резервная территория "Нерчинская степь". Территория ее находится в междуречье Куэнги и Шилки (около 67 тыс. га), в трех административных районах - Нерчинском, Сретенском, Чернышевском на землях сельскохозяйственного назначения. Основные охраняемые виды: даурский еж, речная выдра, тарбаган, лебедь-кликун, скопа, большой подорлик, беркут, орлан-белохвост, сапсан, дрофа, большой кроншнеп, филин, амурский осетр, калуга, обыкновенный таймень, жемчужница даурская, кобылка Брюннера, парусник Ксут, бархатница Эпименид, переливница большая, пеструшка Четверикова, зефир японский, нифанда темная, обитающие в коренных разнотравно-нителистниковых растительных сообществах.