Контроль за реализацией Программы реформирования в целом и ее отдельных мероприятий осуществляется Губернатором Читинской области, Читинской областной Думой, межведомственной комиссией, руководителями исполнительных органов государственной власти Читинской области (по соответствующим направлениям Программы реформирования).
Текущий контроль за расходованием средств, предусмотренных планом финансирования Программы реформирования, осуществляют Комитет по финансам Читинской области и Управление Федерального казначейства по Читинской области. Последующий контроль осуществляется Контрольно-счетной палатой Читинской области и Государственной финансовой инспекцией Читинской области.
Председатель межведомственной комиссии организует проведение ежемесячного мониторинга выполнения мероприятий Программы реформирования и докладывает о ходе ее реализации Губернатору Читинской области. В состав доклада включаются данные по контрольным срокам исполнения мероприятий Программы реформирования, план законопроектной работы и проекты нормативных правовых документов, разработанных в рамках реализации Программы реформирования.
По итогам реализации каждого этапа Программы реформирования и представления отчетных материалов в Министерство финансов Российской Федерации председатель межведомственной комиссии представляет Губернатору Читинской области сводный отчет и предложение о применении мер морального и материального стимулирования в рамках действующего законодательства, положений о премировании, действующих в исполнительных органах государственной власти Читинской области.
К должностным лицам, не обеспечившим в установленные сроки выполнение предусмотренных Программой реформирования мероприятий или допустивших нецелевое расходование средств, выделенных на реализацию Программы реформирования, будут применяться меры административного воздействия.