Управление программой осуществляет заказчик программы, который ежегодно в установленном порядке направляет в орган исполнительной власти, осуществляющий полномочия в области инвестиционной политики и программ, бюджетную заявку на выделение ассигнований из областного бюджета для финансирования мероприятий в очередном финансовом году.
Заказчик программы ежегодно в установленном порядке вносит предложения по уточнению перечня программных мероприятий на очередной финансовый год, затрат по программным мероприятиям, а также механизма реализации программы; обеспечивает своевременное использование выделенных денежных средств, выполнение мероприятий программы; направляет в орган исполнительной власти, реализующий полномочия в области инвестиционной политики и программ, отчетную информацию о ходе реализации программы и эффективности использования финансовых средств.
Реализация мероприятий программы осуществляется путем размещения государственных заказов в установленном федеральным законодательством порядке.
Контроль за ходом выполнения мероприятий программы осуществляют заместитель Губернатора Читинской области - председатель Комитета образования, науки и молодежной политики и орган исполнительной власти, реализующий полномочия в области инвестиционной политики и программ.