Управление программой осуществляет заказчик программы - Комитет сельского хозяйства и продовольствия Читинской области.
Механизм реализации программы предусматривает консолидацию средств, направляемых на реализацию программы из бюджетов всех уровней.
Реализация программы осуществляется на основе соглашений (договоров), заключаемых заказчиком программы со всеми исполнителями программных мероприятий. Предусматривается принцип долевого участия муниципальных образований в финансировании мероприятий, размеры и условия которого определяются соглашениями (договорами) между заказчиком программы и органами местного самоуправления муниципальных образований.
Заказчик программы с учетом выделяемых на реализацию программы финансовых средств ежегодно уточняет целевые показатели и затраты по программным мероприятиям, механизм реализации программы, состав исполнителей, при необходимости вносит изменения в программу в установленном порядке, предоставляет бюджетные заявки на ассигнования из областного бюджета на очередной финансовый год, отчеты о ходе выполнения программы и эффективности использования выделяемых на реализацию финансовых средств.
Контроль за ходом выполнения программы осуществляют заместитель Губернатора Читинской области - председатель Комитета сельского хозяйства и продовольствия Читинской области и Комитет транспорта, связи, жилищно-коммунального строительства и строительства Читинской области в установленном порядке.