Целью Программы является содействие устойчивому развитию Байкальской природной территории, гармонично сочетающему интересы защиты окружающей среды, повышения благосостояния и духовного развития населения. Для достижения этой цели формулируются следующие задачи:
1. Уменьшение сбросов и выбросов в речную сеть и атмосферу загрязняющих веществ от хозяйственных объектов.
2. Экологическая оптимизация процессов природопользования с ориентацией на сохранение водорегулирующих и средообразующих функций наземных экосистем.
3. Совершенствование территориальной охраны живой природы путем создания экологических сетей.
4. Формирование информационных потоков, дающих комплексную информацию о состоянии и динамике при родных сред и экосистем Байкальской природной территории, а также формирование механизмов для эффективного использования этой информации.
5. Поддержание и развитие образа Байкала как мировой и национальной ценности.
6. Обеспечение научных и мониторинговых исследований, необходимых для решения задач устойчивого развития Байкальской природной территории.
Предусматриваются два этапа реализации Программы.
I этап, 2004-2006 годы - выполнение первоочередных мероприятий по снижению антропогенного воздействия на экосистемы Байкальской природной территории. Разработка механизмов для формирования системной основы управления природными ресурсами и охраны окружающей среды Байкальской природной территории.
II этап, 2007-2010 годы - осуществление эколого-экономической политики на основе разработок I этапа, направленной на рациональное использование природных ресурсов, сохранение и улучшение качества окружающей среды.