Управление Программой осуществляет Управление ТЭК и природных ресурсов Читинской области. Контроль за ходом исполнения Программы осуществляют Комитет экономики Читинском области и заместитель Главы Администрации (Губернатора) Читинской области по топливно-энергетическому комплексу и горнорудной промышленности. Комитет экономики Читинской области организует с участием Комитета по финансам Читинской области проверку хода реализации Программы.
Управление ТЭК и природных ресурсов Читинской области совместно с Комитетом экономики Читинской области, Управление Росприроднадзора по Читинской области ежегодно готовят и проводят два совещания по реализации Программы с приглашением представителей других органов государственной власти и местного самоуправления, научных и общественных организаций, ФГУ "Байкалприрода":
1) ежегодное совещание для определения состояния и динамики воздействия на окружающую среду Байкальской природной территории по данным всех мониторинговых работ, определения приоритетных задач на следующий год, разработки рекомендаций для принятия решений по корректировке Программы;
2) ежегодное совещание, посвященное анализу эффективности использования природных ресурсов и адекватности экологических платежей для Читинской части Байкальской природной территории с целью разработки рекомендаций для органов государственной власти.
По итогам этих совещаний Управление ТЭК и природных ресурсов Читинской области готовит ежегодный доклад о ходе выполнения Программы и представляет его в Администрацию Читинской области и Комитет экономики Читинской области не позднее 5 января года, следующего за отчетным.
Органы местного самоуправления муниципальных образований, расположенных на Байкальской природной территории, готовят и представляют в Управление ТЭК и природных ресурсов Читинской области отчеты об использовании средств, выделяемых на реализацию мероприятий Программы, а также об экологической и экономической эффективности, не позднее 5 числа месяца, следующего за отчетным.