По природному химическому составу и качеству поверхностные воды Карелии весьма разнообразны и имеют ряд особенностей. За редким исключением, они мало минерализованы (менее 100 мг/л) и очень мягкие (менее 4% жесткости). По этим признакам их можно было бы отнести к водам очень высокого качества. Однако на большей части территории качество вод ухудшается из-за наличия в них гумусовых веществ.
В республике малые реки используются как источники хозяйственно-питьевого водоснабжения, для рекреационных целей, в качестве приемника сточных вод. Крупнейшими источниками хозяйственно-питьевого водоснабжения в республике являются Онежское и Ладожское озера.
Качество воды водных объектов в местах водопользования населением контролировалось в 138 створах для отбора воды водоемов 1-й категории, в т.ч. 76,1%, расположенных в сельских поселениях, и 93 створах водоемов 2-й категории, из них 48,3%, расположенных в сельских поселениях.
В 2010 году из 393 проб воды водных объектов 1-й категории (источники водоснабжения) не отвечало гигиеническим нормативам 19,3% проб по санитарно-химическим показателям и 6,5% проб - по микробиологическим, а 2-й категории (зоны рекреации) из 146 проб не соответствовало гигиеническим нормативам 34,9% проб по санитарно-химическим показателям и 25,5% проб - по микробиологическим.
Причинами загрязнения поверхностных водных объектов в республике является сброс неочищенных, недостаточно очищенных и обеззараженных сточных вод от коммунальных, промышленных, сельскохозяйственных объектов, а также сброс ливневых, талых и дренажных вод.
В 111 населенных пунктах республики функционируют 92 сооружения по очистке сточных вод, в том числе: 49 (53,3%) с биологическим типом очистных сооружений, 10 (10,9%) с механическим, 30 (32,6%) с биологическим и механическим, 1 (1,1%) с физико-химическим, 2 (2,2%) с полным комплексом очистки; 27 канализационных насосных станций; 13 локальных очистных сооружений.
Проектные показатели очистки обеспечивают 32 канализационных очистных сооружения, как правило, находящиеся на балансе крупных водопользователей.
До настоящего времени в 6 районных центрах - гг. Кемь, Беломорск, Медвежьегорск, Пудож, пгт Лоухи, Калевала отсутствуют канализационные очистные сооружения. Неочищенные сточные воды сбрасываются в водные объекты, как правило, являющиеся источниками водоснабжения населения. В г. Сортавала часть сточных вод сбрасывается в Ладожское озеро без предварительной очистки. В общем объеме водоотведения сброс от названных населенных пунктов составляет около 2 процентов, тем не менее, это негативно отражается на состоянии водных объектов питьевого водоснабжения.
Анализ распределения загрязняющих веществ в сточных водах показывает, что основным источником загрязняющих веществ является промышленность; жилищно-коммунальное хозяйство лидирует в сбросе таких компонентов, как азот общий, хлориды и фосфаты.